Paavi Franciscus on ottanut myönteisemmän kannan homoseksuaalisuuteen kuin hänen edeltäjänsä paavi Benedictus. Franciscuksen mukaan ei ole hänen asiansa tuomita homoseksuaalista ihmistä, jos tämä etsii Jumalaa ja jos tällä on hyvä tahto.
BBC:n uutisten mukaan paavi on sanonut, että homoseksuaalit täytyy hyväksyä osaksi yhteiskuntaa. Paavi pitää kuitenkin homoseksuaalisia suhteita syntinä. Hän myös suhtautuu ehdottoman kielteisesti nais- pappeihin.