Lento lähti Pariisista matkaan yhdentoista jälkeen keskiviikkoiltana. Yhteys koneeseen katosi vajaat kolme tuntia myöhemmin. Kone oli tuolloin 11 kilometrin korkeudessa Välimeren yläpuolella. EgyptAirin lennolla MS804 oli 56 matkustajaa ja 10 miehistön jäsentä.
Egyptissä sattui vakava lento-onnettomuus viimeksi lokakuussa 2015. Silloin venäläisiä matkailijoita kuljettanut matkustajakone putosi Siinain niemimaalla. Kaikki koneessa olleet 224 ihmistä kuolivat. Venäjän mukaan koneen pudotti pommi. Terroristijärjestö Isis on väittänyt pudottaneensa koneen.
Egyptin armeijan mukaan kadonneen koneen hylyn osia on löytynyt Välimerestä Alexandrian kaupungin edustalta.
Asiantuntijoiden mukaan koneen putoaminen ei todennäköisesti johdu teknisestä viasta. Kyseessä oli mahdollisesti terrori-isku. Turman aiheuttajaksi epäillään pommia.
(Päivitetty 20.5.2016.)